毒素型

細菌産生毒素の生理活性による食中毒。食品摂取時点で細菌類が不活化していても発症するため、抗生物質は不効。毒素が熱分解に弱い場合には加熱により不活化する。 黄色ブドウ球菌は、おにぎり、すし、おつくり。皮膚常在菌が食品へ移行し食品表面で増殖、毒素を産生する。潜伏期間短く3-6時間、耐熱性毒素のため調理加熱程度で不活化できない。耐熱性毒素ST(エンテロトキシンの一種)による。 ボツリヌス菌は、発酵食品、いずし類、真空パック食品、キャビアの瓶詰め、ソーセージ。毒素型としては潜伏期間が長く、40時間の例もある。ボツリヌス毒素自体は熱分解しやすい。食中毒の初報告は独・腸詰め(ソーセージ)。

感染型

感染により体内増殖した細菌が病原性をもつことにより発症する。
腸炎ビブリオは、夏期の未加熱魚介類、刺身、シラスなど。海水の常在菌、発生ピークは6-10月。
サルモネラ属菌※ - 鶏卵、鳥肉→とくに夏期の自家製マヨネーズ、アイスクリーム。※腸チフス・パラチフスは除く
カンピロバクター、カンピロバクター症は、牛・豚・鶏肉、鶏卵、生乳、牛刺し、レバ刺し。家畜・家禽類の常在菌であるため、その生食にリスクがある。潜伏期間が2～7日と長い。近年、鶏肉の生食と関連するギラン・バレー症候群が注目されている。特に予後不良例が多いことが報告され、焼き鳥のレアを回避するよう注意喚起がなされている。
病原性大腸菌は、原因食品の傾向をつかみにくい。 病原性を呈する大腸菌群全体を示す。→腸内での増殖、毒素産生をもつことから中間型に分類する諸家もいる。腸管出血性大腸菌O157(感染症法3類)がきわめて有名だが、感染症扱い。また、感染症にひきつづくベロ毒素(O111, O26他)による合併症TTP, 溶血性尿毒症症候群（HUS）も、用語としては一般的に「食中毒」として取り扱わない。接触感染することから、二次感染症との識別が極めて難しい。
リステリア属菌、食肉加工食品、生乳製品。潜伏期間は平均すると数十時間とされているが、患者の健康状態、摂取菌量、菌株の種類の違いにより発症するまでの期間は大きく左右されると考えられるため、その幅は数時間から数週間と長く、原因食品の特定が困難な場合もある。主に、胃腸炎症状。まれにインフルエンザ様症状。重篤な場合、脳脊髄膜炎などの神経系統症状。母子垂直感染による流産。

中間型

ウェルシュ菌は、学校給食、料理作り置きなど保冷=解凍サイクルに乗じて増殖する。加熱調理・煮込み課程において不活化を免れた芽胞が保冷サイクルにおいても生存し、解凍時の加熱によって食品内で増殖する。経口時までに活性量の芽胞・菌体量が確保されることにより体内に侵入、消化刺激から芽胞を形成するときにエンテロトキシンを生成し発症する。芽胞+, 耐熱性 潜伏期間8-24時間
セレウス菌は、芽胞は100℃ 10分の条件でも不活化されず、熱後においても芽胞を形成し体内に侵入、下痢・嘔吐等の発症にいたる。